Europejski Fundusz na rzecz Uchodźców powstał na mocy decyzji Rady 2000/596/WE z dnia 28 września 2000 roku. Była to pierwsza edycja Funduszu ustanowiona na lata 2000-2004, mająca na celu wspieranie państw członkowskich Unii Europejskiej w wysiłkach towarzyszących przyjmowaniu uchodźców i wysiedleńców oraz ponoszeniu wszelkich konsekwencji ich pobytu. Obok Wspólnego Europejskiego Systemu Azylowego, fundusz służy realizacji idei jaką jest utworzenie obszaru wolności, bezpieczeństwa i sprawiedliwości otwartego dla osób, które zmuszone okolicznościami, zgodnie z prawem ubiegają się o ochronę w Unii Europejskiej. W ramach edycji 2000-2004 budżet Europejskiego Funduszu na rzecz Uchodźców wynosił 216 milionów euro.
Mając na uwadze pozytywne doświadczenia zgromadzone podczas funkcjonowania pierwszej fazy funduszu oraz powiększający się dorobek w dziedzinie wspólnotowych aktów prawnych dotyczących azylu, Unia Europejska decyzją 2004/0032/WE wyraziła wolę kontynuowania Europejskiego Funduszu na rzecz Uchodźców w latach 2005-2010. Polska jako nowy kraj członkowski korzysta ze środków funduszu od 1.05.2004 roku.
W roku 2007 decyzją 575/2007/EC Państwa Członkowskie wyraziły wolę kontynuowania Europejskiego Funduszu na rzecz Uchodźców w latach 2008-2013 (częściowo zastępując drugą edycję EFU).
W systemie implementacji Funduszu, Ministerstwo Spraw Wewnętrznych pełni funkcję instytucji odpowiedzialnej, natomiast COPE MSWiA jest instytucją delegowaną.
Pomoc w ramach funduszu przyznawana jest w systemie grantów, w wysokości do 75% wartości projektów oraz dodatkowo do 10% z budżetu państwa. Corocznie każdy kraj członkowski zaprasza do składania wniosków o przyznanie dotacji na realizację projektów, które będą przyczyniały się do celów wyznaczonych dla Funduszu. Z wybranymi beneficjentami podpisywane są umowy finansowe.
O podpisaniu umowy na realizację projektów beneficjent otrzymuje zaliczkę w wysokości 50% dofinansowania z EFU. Po wykorzystaniu 70% tej zaliczki może ubiegać się o zaliczkową wypłatę kolejnych 25% dofinansowania z EFU. Wypłata pozostałych 25% następuje po zakończeniu realizacji i rozliczeniu projektu na podstawie faktur lub innych dokumentów o podobnej wartości księgowej.