W perspektywie finansowej 2021-2027 celem Funduszu jest przyczynianie się do skutecznego zarządzania przepływami migracyjnymi i do wdrażania, wzmacniania i rozwijania wspólnej polityki azylowej i wspólnej polityki imigracyjnej zgodnie z odpowiednim unijnym dorobkiem prawnym i przy pełnym poszanowaniu zobowiązań międzynarodowych Unii i państw członkowskich wynikających z instrumentów międzynarodowych, których są stronami.
Za wykorzystanie FAMI w Polsce odpowiada Departament Funduszy Europejskich Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, który pełni rolę Instytucji Zarządzającej.
Część zadań została przekazana do Centrum Obsługi Projektów Europejskich MSWiA jako Instytucji Pośredniczącej, w tym przygotowanie umów z beneficjentami, nadzór nad realizacją projektów, przekazywanie środków finansowych, rozliczenia i kontrole. Środki funduszu przyznawane są w ramach konkursów otwartych, ograniczonych oraz w ramach bezpośredniego przyznania dofinansowania. Ogłoszenia o konkursach i ich wyniki ukazują się tutaj.