Celem FAMI jest przyczynianie się do skutecznego zarządzania przepływami migracyjnymi i do realizacji, wzmacniania i rozwoju wspólnej polityki w zakresie azylu, ochrony uzupełniającej i ochrony czasowej oraz wspólnej polityki imigracyjnej z pełnym poszanowaniem praw i zasad zapisanych w Karcie praw podstawowych Unii Europejskiej.
Za wykorzystanie FAMI w Polsce odpowiada Departament Polityki Granicznej i Funduszy Międzynarodowych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji, który pełni rolę Organu Odpowiedzialnego.
Część zadań została przekazana do Centrum Obsługi Projektów Europejskich MSWiA jako Organu Delegowanego, w tym przygotowanie umów z beneficjentami, nadzór nad realizacją projektów, przekazywanie środków finansowych, rozliczenia i kontrole.
Środki funduszu przyznawane są w ramach konkursów otwartych i zamkniętych (ogłoszenie o konkursach i ich wyniki ukazują się pod adresem: fundusze.mswia.gov.pl ) oraz bez konkursu w przypadku dofinansowania dla instytucji publicznych posiadających monopol prawny w danym obszarze.